学校创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。学校是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，教育部批准的首批来华留学示范基地，2015年成为教育部、国家卫健委和重庆市人民政府共建高校。

学校积极开展国内外交流合作，与欧洲、亚洲、北美洲、大洋洲的23个国家和地区的56所教育或医疗卫生机构建立了合作关系，其中包括英国莱斯特大学、美国达特茅斯学院、法国斯特拉斯堡大学、新加坡国立大学等世界名校；与英国莱斯特大学联合举办的“重庆医科大学莱斯特大学联合学院”，是我国中西部地区唯一的以医学为主且开设临床医学专业的中外合作办学机构；同时，与复旦大学、西南大学等“双一流”建设高校开展长学制医学生的联合培养。现有附属医院15所。附属第一医院、附属第二医院、附属儿童医院近10年连续入选复旦版“全国医院综合排行榜”百强。直属附属医院获批国家临床研究中心和国家区域医疗中心各1个，获批国家临床重点专科53个。现有编制床位20800余张，年门诊量近2144万人次，年出院病人量近101万人次。